Il va en Égypte en 1821 et entreprend des fouilles à Thèbes entre 1824 et 1828, tout en apprenant l'arabe et le copte. Wilkinson rentre en Angleterre en 1833 avec une importante moisson de documents qui seront à la base de la majorité de ses publications. Il séjourne en 1849-1850 en Italie pour étudier le papyrus {ou canon} royal de Turin. Il peut être considéré comme le fondateur de l'égyptologie anglaise.